软件著作权转让和专有许可合同登记申请文件应当包括：合同登记申请表、合同原件或复印件、申请人身份证明、原登记证书复印件、查询结果各一式一份。
1、合同登记申请表
申请人应当提交在线填写并打印的申请表，申请表中的事项应当按要求填写完整；申请人签章应当是原件，并且应当与申请人名称一致；
2、转让或专有许可合同
转让合同中应当明确转让的软件名称及版本号、转让权利范围、转让地域范围、合同生效日期等内容，合同应当符合著作权法及合同法的基本要求；
专有许可合同中应当明确许可的软件名称及版本号、许可权利范围、许可地域范围、专有许可权利的期限等内容，合同应当符合著作权法及合同法的基本要求；
3、身份证明文件
（详见软件著作权登记相关内容）；
4、原登记证书的复印件
合同涉及已经办理过著作权登记或其它登记的，提交软件著作权登记证书或证明的复印件。
5、查询结果
合同涉及软件已进行著作权登记的，需先做著作权登记概况查询，查询结果是办理此类登记的申请文件之一。
6、代理委托书

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代理委托书（软件）